Barman Desmond Miles wordt op een avond verleid door "Melanie". De nacht verloopt echter niet zoals verwacht ... Desmond wordt wakker in het hoofdkwartier van de Tempeliers waar hij een resem tests ondergaat in het bijzijn van enkele mysterieuze toeschouwers. Hij ligt er vastgekoppeld aan de animus, een uiterst gesofisticeerde machine die via zijn genetische geheugen het verleden onthult. Blijkt dat Desmonds voorouders lid waren van de Assassijnen, een gevreesde Islamitische sekte en de aartsvijanden van de Tempeliers. "Lucy" helpt Desmond ontsnappen en brengt hem naar een hedendaagse Assassijnensekte. Daar maakt hij kennis met "patiënt 16", die niet gelukkig is met zijn komst ...